قسم العلاج بالداخل:

يقوم هذا القسم بالدور الرئيس لإحالة المرضى للعلاج داخل المملكة، وكذلك الرفع للهيئة الطبية العليا لدراسة إرسال المرضى للعلاج خارج المملكة.

قسم العلاج بالخارج:
يقوم هذا القسم بالإشراف على علاج المرضى السعوديين في الخارج، وذلك من خلال الإشراف على الملحقيات الصحية السعودية بالخارج.

الأوامر السامية:
يقوم هذا القسم بالإشراف على مراحل تنفيذ الأوامر السامية الكريمة للعلاج على نفقة الدولة بالخارج.

الهيئة الطبية العليا:
تعد الهيئة الطبية العليا هيئة طبية وطنية مستقلة تم إنشاؤها بناء على الأمر السامي الكريم رقم 8766/ب وتاريخ 15/6/1417هـ وينظم عملها الأمر السامي الكريم رقم 4700/ب وتاريخ5/8/1430هـ وهي مشكلة من القطاعات الصحية بالمملكة (وزارة الصحة، وزارة الدفاع والطيران، وزارة الداخلية، الحرس الوطني، جامعة الملك سعود، ومستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث بالرياض)، وذلك يجعلها على دراية تامة بجميع الإمكانات البشرية والتقنية المتوافرة بالمستشفيات التخصصية والمرجعية بالمملكة، وتقوم الهيئة الطبية العليا بدراسة الحالات التي تعرض عليها للنظر في إمكانية علاجها بالخارج.

قسم المنح العلاجية: 
يقوم هذا القسم بتنفيذ ومتابعة علاج المرضى غير السعوديين في مستشفيات المملكة حسب الاتفاقيات الرسمية المبرمة بين حكومة المملكة العربية السعودية وحكومات دولهم.

قسم التعويضات:
يقوم هذا القسم بالنظر في طلبات التعويض عن العلاج في الخارج والرفع للعرض على الهيئة الطبية العليا لدراسة الأحقية بالتعويض، ومن ثم الرفع للإدارة العامة للشؤون المالية لصرف المبالغ المستحقة.

قسم الجودة والتقارير: 
يقوم هذا القسم بتطبيق مفهوم الجودة الشاملة في كل أعمال الإدارة، وكذلك الإعداد ورفع التقارير الدورية، بالإضافة إلى متابعة الأداء؛ ضمانًا لتطبيق الجودة الشاملة.

قسم الحاسب الآلي:
هذا القسم هو المسؤول عن تنفيذ الإدارة الإلكترونية ممثلة في الربط الإلكتروني بين الإدارة العامة وروافدها بالداخل والخارج، وإعداد البرامج الإلكترونية اللازمة مع جهة الاختصاص بالوزارة، بالإضافة إلى الدعم الفني.

قسم الشؤون الإدارية: 
يقوم هذا القسم بالإشراف والمتابعة لكافة أعمال الإدارة العامة وروافدها بالداخل والخارج.

قسم علاقات المرضى: 
يقوم هذا القسم بتولي الرد على استفسارات المراجعين، والرد عليهم هاتفيًّا أو عند حضورهم للتعقيب على معاملاتهم لدى الإدارة